Jornal Artigo Tag Suite

História

Desde a sua introdução, o NLM Archiving and Interchange DTD Suite da NLM se tornou o padrão de fato da marcação de artigos de periódicos em publicação acadêmica. Com a introdução do NISO JATS, ele foi elevado a um padrão verdadeiro. Mesmo sem intercâmbio de dados públicos, as vantagens da adoção do NISO JATS proporcionam editores em termos de otimizar fluxos de trabalho de produção e otimizar a interoperabilidade do sistema.

Linha do tempo

NLM JATSNLM JATS, version 1March 31, 2003 (2003-03-31): NLM DTD v1.0 introduced.November 5, 2003 (2003-11-05): Version 1.1 update released.NLM JATS, version 2December 30, 2004 (2004-12-30): Version 2.0 major update released. It is designed to support customization best-practices.November 14, 2005 (2005-11-14): Version 2.1 update released with the addition the Article Authoring DTD.June 8, 2006 (2006-06-08): Version 2.2 update released.March 28, 2007 (2007-03-28): Version 2.3 update released.NLM JATS, version 3November 21, 2008 (2008-11-21): Version 3.0 major update released.NISO JATSNISO JATS, version 1.0March 30, 2011 (2011-03-30) – September 30, 2011 (2011-09-30): First draft, NISO Z39.96.201x version 0.4 released; six-month comment period.July 15, 2012 (2012-07-15): NISO JATS, v1.0 received NISO approval.August 9, 2012 (2012-08-09): NISO JATS, v1.0 received ANSI approval.August 22, 2012 (2012-08-22): ANSI/NISO Z39.96-2012, JATS: Journal Article Tag Suite (version 1.0) published. It supports full backward-compatibility with NLM JATS v3.0.NISO JATS, version 1.1December 9, 2013 (2013-12-09): First draft, NISO JATS, v1.1d1 released.December 29, 2014 (2014-12-29): Second draft, NISO JATS, v1.1d2 released.April 14, 2015 (2015-04-14): Third draft, NISO JATS, v1.1d released.October 22, 2015 (2015-10-22): NISO JATS, v1.1 received NISO approval.November 19, 2015 (2015-11-19): NISO JATS, v1.1 received ANSI approvalJanuary 6, 2016 (2016-01-06): ANSI/NISO Z39.96-2015, JATS: Journal Article Tag Suite, version 1.1 published.NISO JATS, version 1.2July 20, 2017 (2017-07-20): First draft, NISO JATS, v1.2d1 released.May 23, 2018 (2018-05-23): First draft, NISO JATS, v1.2d2 released.February 8, 2019 (2019-02-08): ANSI/NISO Z39.96-2019, JATS: Journal Article Tag Suite, version 1.2 published.NISO JATS, version 1.3July 7, 2021 (2021-07-07): ANSI/NISO Z39.96-2021, JATS: Journal Article Tag Suite, version 1.3 published.

Escopo técnico

Por design, este é um modelo para artigos de periódicos, como o artigo de pesquisa típico encontrado em um diário STM, e não um modelo para periódicos completos.

Conjuntos de tags

Existem três conjuntos de tags:

Journal Archiving and Interchange (Green)"The most permissive of the Tag Sets," primarily intended for the capture and archiving of extant journal data.Journal Publishing (Blue)"A moderately prescriptive Tag Set," intended for general use in journal production and publication.Formally this model is a subset of the Archiving model. This is the most frequently used JATS variant.Article Authoring (Orange)"The most prescriptive [tightest and smallest] of the Tag Sets," intended for the relatively lightweight creation of journal articles valid to JATS.Formally this model a subset of the Publishing model.

Definições de tipo de documento (também lançadas na forma de relaxamento de esquema NG e XML) definem cada conjunto e incorporam outros padrões como tabelas MathML e XHTML (embora não no espaço de nome XHTML).

Estrutura de documentos

O Jats Publishing Set define um documento que é um componente de nível superior de um diário como um artigo, um livro ou revisão de produto ou uma carta ao editor. Cada um desses documentos é composto de matéria frontal (exigida) e até três peças opcionais. Estes devem aparecer na seguinte ordem:

Front matterThe article front matter contains the metadata for the article (also called article header information), for example, the article title, the journal in which it appears, the date and issue of publication for that issue of that journal, a copyright statement, etc. Both article-level and issue-level metadata (in the element ) and journal-level metadata (in the element ) may be captured.Body (of the article)The body of the article is the main textual and graphic content of the article. This usually consists of paragraphs and sections, which may themselves contain figures, tables, sidebars (boxed text), etc. The body of the article is optional to accommodate those repositories that just keep article header information and do not tag the textual content.Back matterIf present, the article back matter contains information that is ancillary to the main text, such as a glossary, appendix, or list of cited references.Floating materialA publisher may choose to place all the floating objects in an article and its back matter (such as tables, figures, boxed text sidebars, etc.) into a separate container element outside the narrative flow for convenience of processing.

Seguindo o material frontal, corpo, costas e flutuantes, pode haver uma ou mais respostas ao artigo ou a um ou mais artigos subordinados.

Exemplo

Esta é a estrutura mínima do artigo,

O cabeçalho Doctype é opcional, um legado dos validadores SGML e DTD. O atributo DTD-Versão pode ser usado mesmo sem um cabeçalho DTD.

O artigo do elemento raiz é comum para qualquer versão do JATS ou "JATS FAMÍLIA", como NLM DTDS. As regras para validação de tags frontal, corpo e traseiro depende da versão JATS, mas todas as versões têm estrutura semelhante, com boa compatibilidade em vários anos. A evolução do esquema preserva uma estabilidade geral.

Menos variações "apenas frontal", "apenas front e traseira" também são usadas para outras finalidades além da representação de conteúdo completo. A composição geral do artigo (como uma expressão de conteúdo de DTD) é

(front, body?, back?, floats-group?, (sub-article* | response*))

Ferramentas

Há uma variedade de ferramentas para criar, editar, converter e transformar os jats. Eles variam de formulários simples a automação de conversão completa:

Conversão para jats

Tome como entrada um documento científico e, com algum apoio humano, produza uma saída JATS.

OpenOffice (LibreOffice) and MS Word documents to JATS:Typeset: provides automated set of converters for MS-Word to JATS XML.OxGarage: can convert documents from various formats into "National Library of Medicine (NLM) DTD 3.0".meTypeset: meTypeset "is a fork of the OxGarage stack" "to convert from Microsoft Word .docx format to NLM/JATS-XML".eXtyles: automates time-consuming aspects of document editing in Microsoft Word and exports to JATS XML (as well as many other DTDs).Markdown to JATS: Pandoc 2.0 can convert a number of input formats to JATS.PDF to JATS: this is a very difficult problem to solve. Success depends on how well structured your PDFs are and, for batch conversion, how consistently structured your PDFs are.Shabash MeropsTypeset's PDF to JATS XML ConverterThe Public Knowledge Project is developing a pipeline for converting PDF to JATS. It will include use of pdfx.CERMINE Content ExtRactor and MINEr

Conversão de Jats

Tome Jats como entrada, produza outro tipo de documento como saída.

from JATS to HTMLJATS Preview Stylesheets (canonical XSLT conversion), see classical (2013) conversor.eLife Lens converts NLM XML to JSON for displaying using HTML and Javascript.from JATS to PDF: some JATS Preview Stylesheets, XSLT + XSL-FO conversion.from JATS to EPUB.Generic (from JATS DTD): DtdAnalyzer — compare JATS with other DTDs and helps into create a XML representation, XSLT and Schematron generation, and other tools.

Editores

Typeset provides a WYSIWYM editor for scholarly articles. Supports XML exports in NISO JATS and NLM JATS standards. It is mostly used by Journals and Publishers looking to convert author submitted MS-Word files to XML, PDF, HTML and ePuB.JATS Framework for oXygen XML Editor: users of oXygen XML Editor and oXygen XML Author can now install support for current versions of NISO JATS (and as a bonus, NLM BITS). Based on an identifier given in a DOCTYPE declaration, oXygen will detect that you are editing a JATS document and provide stylesheets and utilities.FontoXML for JATS: WYSIWYS editor for editing and reviewing JATS content:PubRef "Pipeline": Browser-based realtime-preview JATS editor:Annotum: a WordPress theme that contains WYSIWYG authoring in JATS (Kipling subset), peer-review and editorial management, and publishing.JATS edition for web-based XML editor Xeditor.Texture Editor of the Substance Consortium. The first online "born to JATS" editor.Libero Editor, developed by eLife describes itself as 'A user-friendly editing interface designed for publishing staff and authors for the production of high-quality JATS XML.'

Visualização

Ferramentas que tornam os Jats como HTML, geralmente em mosca.

JATS Preview Stylesheets: the JATS Preview Stylesheets are a series of .xsl, .xpl, .css, and .sch files that will create .html or .pdf versions of valid NISO Z39.96-2012 JATS 1.0 files. It is primarily intended for internal use by publishers and a basis for customization.Typeset - Allows to generate HTML from JATS XML within a click. Also, offers capacity to generate custom HTML based on the requirements of the journal.PubReader – "The PubReader view is an alternative web presentation ... Designed particularly for enhancing readability on tablet and other small screen devices, PubReader can also be used on desktops and laptops and from multiple web browsers".

Costumização

Jatsdoc - Produces documentation for any particular JATS customization. Jatsdoc is integrated with NCBI's DtdAnalyzer.

Jats Repositórios Centrais

Enquanto Niso Jats iniciou o padrão de fato e de Jure para periódicos de acesso aberto, a comunidade científica adotou os repositórios JATS como uma espécie de depósito legal, às vezes considerado mais valioso do que as bibliotecas digitais tradicionais, onde apenas uma versão em PDF é armazenada. O conhecimento aberto precisa de formatos mais ricos e estruturados como Jats: PDF e JATS devem ser certificados como "o mesmo conteúdo" e o conjunto "PDF+JATS" formando a unidade de depósito legal. Lista de repositórios JATS e sua contida:

PubMed Central: (please check these numbers)US PubMed Central: in 2016 ~3.8 million articlesEurope PubMed Central: in 2016 ~3,7 million articles SciELO: in 2016 ~0.6 million articles

Esses repositórios se sobrepõem e o mesmo artigo pode ser mantido por mais de um repositório.

Alternativas e semântica

Existem algum esforço e experimentos usando a conversão de RDF em 2012, sem impacto na comunidade JATS.

Mais tarde, em ~ 2016, para o contexto semântico da Web, com a iniciativa Schemaorg, a classe ScholarlyArticle foi definida, recebendo melhor recepção. É uma "padronização do tipo JATS" inicial para contextos de uso RDF.

Veja também

Leitura adicional

Packer, Abel L.; Salgado, Eliana; Araujo, Javani; Aquino, Letícia; Almeida, Renata; Santos, Jesner; Lucena, Suely; Soares, Caroline M. (4 April 2014). "Why XML?". SciELO in Perspective.Sharp, Molly (4 June 2013). "Structured Documents for Science: JATS XML as Canonical Content Format". PLOS Tech.