Johnson nasceu no condado de Northampton, Virgínia, em 17 de janeiro de 1795. Ele é filho de Josiah Johnson e Eleanor Kip. Seus pais morreram quando ele tinha nove anos. Johnson se mudou para Nova York e fez seu aprendizado sob um ferreiro. Ele então se alistou como um garoto de cabine em um navio de água azul. Ele se casou duas vezes. Primeiro a Mary Mongomery (ca. 1829) e depois para Catherine Elizabeth Conklin (ca. 1838) e teve oito filhos. Um de seus filhos, o capitão William B. Johnson, tornou -se um piloto de Sandy Hook e ordenou a Mary e Catherine.
Johnson era um dos mais antigos e bem conhecidos dos pilotos de New York Sandy Hook, que serviam por mais de meio século como piloto, construtor e proprietário de muitos barcos -piloto. Ele se alistou como corsário na guerra de 1812 em Nova York. Ele foi capturado pelos britânicos e enviado para a prisão de Dartmoor em Princetown, Inglaterra. Dois meses após abril de 1815, quando a paz foi declarada, Johnson voltou para casa em Nova York Safey.
O irmão de Johnson era Obadiah Johnson, pai de Josiah Johnson, Jr., (1832-1919). Em 1843, Johnson chegou ao Brooklyn com seu sobrinho Josiah Johnson Jr., que seguiu seu tio na vida piloto e se tornou um piloto de gancho de areia.
Johnson entrou em piloto. Ele comprou ações nos barcos -piloto Charles H. Marshall, nº 3, e Christian Bergh, nº 16. Ele então construiu e nomeou para si mesmo o barco piloto Josiah Johnson, nº 23. O Josiah Johnson foi derrubado pelo A escuna Wanata fora de Barnegat e afundou em 1869.
Johnson foi conhecido como um homem de mente justa porque tratou todos de maneira justa. "Aw! Dê uma chance", era seu lema favorito. Um exemplo disso foi quando ele possuía o barco piloto chamado Mary e Catherine, que recebeu o nome de suas duas esposas, Mary, sua primeira esposa e Catherine, sua segunda.
Em 17 de fevereiro de 1846, o barco piloto Mary Eleanor foi atropelado em terra perto de Shrewsbury Beach, mas não estava ferido. O capitão Johnson agradeceu ao povo de Shrewsbury por salvar toda a propriedade pertencente ao barco.
Johnson se aposentou de pilotar em 1859, quando tinha sessenta e três anos.
Johnson morreu em 1 de dezembro de 1871, aos 76 anos, no Brooklyn, Nova York. Na sua morte, ele acumulou uma fortuna de US $ 100,00. Seu funeral era sua residência tardia no Brooklyn. Ele foi enterrado no cemitério de madeira verde.